در حادثه بندر شهید رجایی، گمرک به‌عنوان نهاد اجرایی، کم‌تأثیرترین یا حتی بی‌تأثیرترین نهاد در وقوع این بحران بود. گمرک‌ها به‌عنوان مرزبانان تجاری کشورها، تنها وظیفه اجرایی دارند و مسئولیتی در تعیین قوانین و سیاست‌ها برعهده ندارند. آنچه در این حادثه اهمیت دارد این است گمرک در اجرای سیاست‌هایی که توسط دستگاه‌های دیگر تعیین می‌شود، هیچگونه دخالتی ندارد.